萬級層流實驗室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨立小房間(與外間隔離),專辟于微生物實驗室內,可以用板材和玻璃建造。實驗室外要設一個緩沖間,錯開門向,以免氣流帶進雜菌。實驗室和緩沖間都必須密閉、室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后,只有保持無菌狀態,才能對某種特定的已知微生物進行研究。
實驗室內的地面、墻壁必須平整,不易藏污納垢,便于清洗。工作臺的臺面應該處于水平狀態。實驗室和緩沖間都裝有紫外線燈,實驗室的紫外線燈距離工作臺面 1 米。工作人員進入實驗室應穿滅過菌的服裝,戴帽子。當前實驗室多存在于微生物工廠,一般實驗室則使用超凈臺。超凈臺其主要功能是利用空氣層流裝置排除工作臺面上部包括微生物在內的各種微小塵埃。通過電動裝置使空氣通過高效過濾器具后進入工作臺面,使臺面始終保持在流動無菌空氣控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流動的氣簾防止外部帶菌空氣進入。